Индекс волшебства: Чудо Эндимиона

История разворачивается после завершения строительства космического подъемника в Академии-Сити. Главные герои Индекс и Тома случайно встречают молодую девушку по имени Ариса Мэйго, которая обладает экстраординарными способностями. Однако, их встреча привлекает внимание "Ассоциации магов", которая начинает преследовать Арису и запускает нападение на Академию. Для защиты города от этой угрозы, возглавляемой Шатауром Секвенцией, формируются силы обороны. Герои узнают от Стэйла Магнуса, что Арису можно использовать в политических интригах для войны между миром магии и наукой. Ребята переключают свое внимание на защиту Арисы и предотвращение возможной катастрофы, связанной с ее использованием в политических играх.

Они присоединяются к движению сопротивления и сражаются с агентами, чтобы сохранить мир и предотвратить войну. В ходе событий герои сталкиваются с опасностями и преградами, но не теряют решимости и настойчиво преследуют свою цель. Со временем им удается раскрыть огромный заговор, осознавая, что мир магии и науки не должен находиться в постоянном противостоянии. В конечном итоге, друзья сумели помешать планам и предотвратить развязывание войны. Они спасают Арису от опасности и вступают в процесс восстановления мира и гармонии между разными формами существования магии и науки.