Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона

Главный герой аниме по имени Синдзи Икари чувствует себя очень плохо в результате поражения последнего Ангела. Он практически безумец, а его моральное состояние оставляет желать лучшего. Главный герой приходит в больницу к своей подруге Аске. Однако из-за сбоев в психике он совершает неконтролируемый поступок, от которого его моральное состояние ещё больше ухудшается. Состояние в мире ухудшается с каждой минутой. Гэндо Икари уничтожает все связи с SEELE, таким образом он надеяться увидеть свою умершую жену, которую зовут Юи.

Мужчина занимается подготовкой к Третьему удару, в котором примут участие Рей и Лилит. Организация отдаёт приказ отрядам JSSDF, чтобы те напали на Токио-3 и штаб-квартиру NERV. Нападающим нужно поймать и уничтожить пилотов Евангелионов. Город N2 будет подвержен бомбёжке, чтобы открылся путь в Геофронт. После того, как группировка проникает в NERV, начинается сражение, в котором погибает большое количество людей. Аска может погибнуть, поэтому Мисато помогает спрятаться ей в Еве-02, которая находится на дне озера. Чем же закончатся приключения, и кто победит в итоге?